和妈妈两个人生活的玉熙有一天放学回家后发现爸爸的朋友画廊叔叔住进了自己家的跨院，要在自己家里寄宿。叔叔和玉熙的关系发展的很快，甚至一起去家后面的山上爬山玩。直到有一天玉熙从幼儿园里带回来一束花给了妈妈，谎称是画廊叔叔让她转交的，从此以后妈妈和画廊叔叔开始互相牵挂、互有好感，可是惧于严厉奶奶的目光，两人的关系被无情的斩断了。有一天画廊叔叔给了玉熙一个漂亮的娃娃然后收拾起行囊远走他乡了。
美国深海勘查潜艇“赛任1号”在一次例行任务中失事，当局命令潜艇设计师（主人公）组织一支由军人和各类科学家构成的小队，乘坐另一艘同型潜艇“赛任2号”下海救援“赛任1号”，成员里面有两个女性，其中一个是潜艇设计师的前妻。 搜索的线索是“赛任1号”上面的一只“黑匣子”。救援队据此潜航到一个非常隐蔽的海沟。途中这艘黄色潜艇被一个巨大的白色不明物体包裹住，艇长用电击法驱走这个怪物。三名潜水员出艇勘查，发现这里的海藻发生过变异，大得出奇。一名潜水员遭隐藏在海藻林间的异形生物突袭而亡，另两名生还者采集了一些变异的海藻后返回潜艇。 潜艇为了躲避变异生物的袭击，进入了海沟内部探险，结果发现海沟最底部有一个巨大空洞，潜艇浮出水面，艇员们穿着如同宇航服的特种防护衣进入这个幽深的洞穴，发现内部竟然有人工开凿的痕迹，里面到处都是变异生物，有的类似巨型蜜蜂，有的类似海蛇和恐龙的杂交体，并且所有的生物身上都带有剧毒。 队员们在留守在潜艇中的通讯指挥员的指示下不断深入，寻找遗失的黑匣子。然而当他们在洞内巡视时，一头异形怪物穿破一名队员的保护罩，进入他的体内，队员们被迫将其击毙。 同时，潜艇上的变异海藻入侵了潜艇上的饮水系统，接触海藻或者饮用了被海藻污染的水，都会被侵蚀逐渐变为海藻的饲料，一个杂役兵因此感染而死。 队员们划着橡皮筏返回潜艇途中，又被水中的异形逐个消灭。 潜艇设计师和两个女队员以及一个男科学家继续在洞中考察。他们发现了一个实验室，在一具干尸面前的电脑上查到了所有的秘密，原来这个海沟是美国政府遗弃的一个研究生物武器的秘密基地，科学家通过生物基因杂交生产出了大量的生物武器，但是不知是何原因试验发生事故，所有的科学家被那些生物杀死，无一幸免。 他们试图炸毁试验基地，不料在一个基因交换室遇到了最可怕的怪物------一个竖挂在墙壁上的多脚海星。在大家用步枪抵抗这个海星的时候，一个男科学家被海星巨大的触手卷走，一个女队员则被海星吸进口中…… 任务结束，旧情鸳鸯回到潜艇上，却被一直呆在潜艇中的通讯指挥员截住并吐露实情：其实根本不存在什么黑匣子，这次行动的真正目的就是取回生物试验的那张资料光盘，所以他才一步步引导队员们接近那个嗜血实验室，而且第一批返回的队员们有两人本来可以免受异形攻击的，也是他从中作祟将舱门反锁，让那两个队员活活的被异形拉进水中…… 通讯指挥员实现了自己的全盘计划，把幸存的三人：旧情鸳鸯和艇长关在寄生着变异海藻的船舱内，幸而潜艇设计师把那张要命的光盘留在手中，提出和通讯指挥员合作，将其骗入船舱并被海藻感染而死。 正当幸存者逃离危险之地时，却发现艇长没有跟随他们一起进入逃生舱，艇长告诉他们，刚才制服通讯指挥员时他不小心被海藻感染了，决定牺牲自己毁灭这个秘密基地。 最后，那对夫妻带着光盘乘逃生舱逃离了恐怖深渊，回到陆地上揭露政府的阴谋，而艇长则启动了潜艇的自毁系统，炸毁了海沟的出口，将那些变异生物永远封闭在海底深渊之中。
当五个朋友在一个偏远的湖畔度假时，他们期待着一个不错的时光，不知道地球正在遭受外星人入侵和大规模绑架。
