经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕…… 本片为SPEC系列完结篇的前篇。
17岁的Coco自丧母后性情变得孤僻，又不能与疏离已久的离异父亲相处，身为反黑组沙展的刀片叔忽略沟通之道，只适以严厉管束，使Coco更为反叛，流连夜店，沉沦毒海。她认识了一位在黑社会罕有的正义人物阿箭，可惜世上所有人都想拆散他们。他们想回头却被新扎大佬追杀，阿箭被杀，Coco惨遭轮奸。刀片懂得关怀爱女已太迟，唯有以鲜血教导她回归正路……
高槻湊是个有洁癖的朴素女大学生，因为厌恶没有血缘关系的弟弟高槻透对女生来者不拒的态度，所以一直与他保持着距离。一次巧合下，透偶遇了穿着JK制服、画着辣妹妆的湊，居然对她一见钟情......
凯拉和大卫曾经是名为“影子部队”的跨国私人雇佣兵部队的行动头领。但是两人经过多年的战场厮杀早已厌倦了打打杀杀的生活。而且他们两人违反了组织命令禁止的恋爱禁令。成为夫妻的他们只能以假死之由退出了“影子部队”。婚后二人生下了自己的儿子。但是很快组织发现了他们的踪迹，并开出巨额赏金开始追杀这一家人。凯拉和大卫为了保护他们的儿子，只能转入地下活动。二人利用自己多年的人脉关系和丰富的作战经验，和追杀者展开了激烈的对峙，最终他们逃出生天。
