经过与一十一(神木隆之介 饰)的恶战,濑文焚流(加濑亮 饰)身受重伤,命几不保。在此期间,青池里子(栗山千明 饰)随女儿小润(森山树 饰)悄然离开医院;而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上,自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人,他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下,濑文急急出院,和当麻纱绫(户田惠梨香 饰)一同调查青池母女的行踪。而野野村组长(龙雷太 饰)则独自行动,查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场,残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭,惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕…… 本片为SPEC系列完结篇的前篇。
丹宁寺大经堂内外聚集着数以千计的喇嘛、达官贵人和虔诚的信徒,他们都在恭候女活佛吉尊桑姆坐床大典的来临。铜钟敲响了,大经师点燃桑祭神的圣火,把佛冠庄重地戴在女活佛的头上,人们虔诚地葡伏在地上。忽然,管家朗杰跑来通知大经师,世界屋脊发生了一件大事件,年迈的大经师晕倒在地。夜晚,女活佛为大经师跳神驱鬼。贵族岗穹赛来到丹宁寺,把上司写给女活佛的信递了上去,等着护送她出国。管家极力怂恿女活佛出国,认为唯此才能保住噶举派的衣钵。女活佛开始准备行装。这时,她又收到中共琼卡分工委来的信,信中真诚地劝她留在国内,不要听信谣言。大经师从昏迷中醒来,看了两封信,他鲜明地把岗穹赛的来信扔到一边。大管家叫来司卜求卦,卦底白绢条上写着"走",大经师经受不住这个"走"字,谢世而去。女活佛把大经师后事交给管家,自己随岗穹赛出走了。在边境的苍巴山谷,为挖食野菜,女活佛的侍女白玛误食毒蘑身亡。危难之时,女活佛过去的侍卫罗旦和侍女竹嘎劝说女活佛不要出国,未成,便决定跟随女活佛一同出走。女活佛历尽千辛来到了印度,她逛小镇时,意外发现了中华人民共和国驻当地商务处所在地。而她的行踪全被岗穹赛的人看在眼里。一天,老太太央宗拜访后,女活佛发现佛冠不见了,精神受到强烈刺激。昏睡中,她梦见了自己死了。惊醒时,她被两个大汉绑架到密林中,他们想用奸污拍照的方法逼迫她参加新德里会议。岗穹赛和罗旦搭救女活佛,岗穹赛不慎被毒蛇咬伤。为给他医治蛇伤,女活佛等人住进央宗别墅。她派罗旦去代理处,与国内建立了联系。女活佛给岗穹赛换药,岗穹赛之妹敏姬喝了央宗送来的茶,三天后中毒身亡。原来央宗是派来监视岗穹赛的人。岗穹赛决定为女活佛找回佛冠,不再参与神圣事业。一天,罗旦报告女活佛,代理处通知将有人绑架她去参加会议,女活佛让罗旦再去代理处商议,不想罗旦被人劫走。岗穹赛在戴墨镜的人监督下,劝女活佛去开会,被拒绝,便将她软禁起来。入夜,女店主送饭进入女活佛卧室,她请女活佛穿上她的衣服出走,脱离险境。女活佛终于回到祖国。在她重新掌教的仪式上,有一个人走进丹宁寺大经堂,跪拜在她的宝座下,这人就是岗穹赛。
1968年越前海岸三里浜,因不满老大安本富藏(西村晃 饰)独霸组织经营权,富安组•安本组若头川田登(松方弘树 饰)使用武力逼其交出游艇、赛马等行业的权力。交易虽然达成,但安本对川田恨之入骨。在老叔万古喜一(ハナ肇 饰)的引荐下,安本与大阪浅野组•金井组的金井八郎(千叶真一 饰)接头,欲借外来黑帮之手除掉川田。 万古借此机会成为安本组老大,随后策划了一场伏击川田的行动。川田险些丧命,伤未痊愈之际便回到北陆寻仇,并斩断安本的一只手臂。出狱之后,川田表面顺服,实则暗中勾结浅野组•冈野组图谋反攻。一场大阪黑帮暗中操控的代理战争旋即展开……