街頭樂師戴名鈸（歐陽震華飾）在危急之際冒充喬步龍（麥長青飾）在舞樂教坊昶麗園都知大人的身份，成功逃過官兵緝捕，但步龍因大火受傷失去部分 記憶，以高仁之名在茶樓當廚師，當兩人重遇時，高仁不知就裡，爽快答應步龍到教坊的廚房工作，原來步龍想利用高仁的音樂造詣為自己建功立業。另一方面，為除後患，步龍向高仁指腹為婚的未婚妻卞玉嫣（鍾嘉欣飾）提出退婚，玉嫣心生不憤決加入教坊當舞優接近步龍，因而認識斬柴妹利在山（胡杏兒飾），在山與玉嫣 惺惺相惜漸成好姊妹，但礙於步龍與高仁的身份錯配，四人關係暗潮洶湧，正值花魁大選舉行，真假情謎逐被揭開……
故事发生在抗战时期的华北平原。堡垒村高家庄遭到日军少佐山田（王奎荣 饰）和汉奸汤丙会（李琦 饰）的偷袭，民兵队长高传宝（王千源 饰）设计将敌人引开，但狡猾的敌人分几路包抄，情况危在旦夕，关健时刻，渔民小兴（许还幻 饰）与爷爷掩护了他们，但爷爷却不幸牺牲。秋天来临，高老忠 （姜华 饰）号召全村改造地道打击敌人，但消息被敌特侦察到，高家庄付出了惨痛代价。赵区长针对以往教训，组织民兵学习毛主席的《论持久战》等著作，充分发挥大家的想象力和创造力，把全村的地道连成一片，形成了消灭敌人的地下长城。在一次战斗中山田暴毙，敌人又派出继任井上（侯天来 饰）卷土重来......
午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
