牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
彼得（下野紘 配音）是隶属于亚格巴契战士公会的战士，曾经在武斗祭上夺得头筹，被誉为地表最强人类。彼得的最大梦想就是能够成为世界上最强的男人，然后迎娶自己的青梅竹马露薇莉亚（二之宫唯 配音），现在，他离实现梦想仅剩最后一步了。 然而，让彼得没有想到的是，自己所拥有的强大力量和高涨的人气吸引了各族女子慕名而来，她们都想获得继承了这强大基因的孩子。古灵精怪的鬼人族姐妹莉莎（山村响 配音）和美美（竹达彩奈 配音）、性格高傲总是拿鼻孔看人的高等精灵薇绀（上原明里 配音）、个性非常内向，总是缺乏自信的兽人皮格莉特（千本木彩花 配音），这些女子们为了争夺彼得的种子开始了较量。
被镇压千年的上古魔尊东方青苍重临三界，一经复生便掀起仙魔大战，却因灵力未复被战神九渊重伤。为脱身，魔尊与司命座下小仙小兰花互换灵魂，却不想难以控制魔力的小兰花，竟失手拍死自己的仙身，两人陷入共用一个身体的窘境。无奈之下，两人踏上寻找新肉身的旅途。一路上，两人历经种种，打打闹闹中小兰花对东方青苍暗生情愫，却不知此时的东方青苍只将她当做复活上古战神赤地的工具，而平静之下一场更大的阴谋正悄然进行……
摩尔收萨瓦奇为徒，随后他们一起着手组建一支军队。他们试图雇佣杭多·奥纳卡的海盗，但他们的努力遭到了绝地委员会成员欧比旺·克诺比和阿迪·加利亚的阻拦。
