在世界的每一个角落里，存在着这样一种生物：它们下等且奇怪，完全不同于任何动植物，自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。它们有自己的生命形态以及生存方式，而这些方式或许会影响到人类的世界。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究记录，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。 故事主人公银古（中野裕斗 配音）就是这样一名四处云游的虫师，他一头银发，仅用一只眼睛视物；常常叼着一根烟，背着一个大行囊，翻山越岭，追寻虫的足迹。 《虫师》自第一季开播后深受观众喜爱，沉寂数年后TV动画系列再度启动，制作人员由原班人马组成。此次的《虫师·续章》将会动画化原作的全部剧情。
在星奏学院里，学生被分为两类，一类是就读于普通科的平凡学生，另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中，普通科的日野香穗子（高木礼子 配音）撞见了音乐精灵莉莉（水桥香织 配音）。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。 凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。
マジシャンの祖父母を持つ香月舞の夢は、一流のマジシャンになること。鏡の妖精であるトポの姿を見たことで、トポから「夢がかなう魔法」を授けられた舞は、魔法を使って天才マジシャン、マジカルエミに変身。エミの魔法を使った夢とスリルにあふれたマジックショーはたくさんのお客さんを楽しませることになるのだが……。
大财团公子哥市之宫行（神谷浩史 配音）自由不知愁滋味，俨然叼着金汤匙出生的金贵少爷，就读于名门学府T大的他即将毕业，未来的人生一片光明，令人欣羡。他铭记市之宫家的家训“不求人，不欠人”，并以此为傲。可是现实的残酷却不得不令他拖欠人情，在开车通过荒川河时，他被几名少年抢走名贵跑车，裤子也被强行扒下挂在桥顶。强逞英雄的阿行爬桥不慎跌落水中，危急时刻被附近的少女小珊（坂本真绫 配音）救助。拖欠了人情的阿行答应作小珊的恋人，他极不情愿地随着这个自称金星人的少女留在荒川河床，并解释了在此生活的一对电波系怪人：河童村长、星星、武士、修女、铁人兄弟等。有趣怪诞的故事就此展开…… 本片根据中村光的同名漫画改编。
