ネオ・トーキョー・シティーのベイエリアに世界最高の高さを誇る「ネオ・トーキョー・タワー」が完成した。大展望室では落成セレモニーが行われ、また地上では見物客で賑わうパレードが繰り広げられていた。そんな賑わいの中、突如として羽虫型爆弾メカが大量に現れ人々を襲い始め、同時にテロ集団「暁の陽炎」が現れて、知事を含むパーティー客たちを人質に展望室に立てこもった。彼らの要求、「服役中の同志の解放」「活動資金」「逃走用VTOL」が満たされなければ人質の命はない。タイムリミットはたったの2時間。ポリスタウンの長官はマキに≪WARRIOR≫の出動を要請する。利緒、真弥、ユージ、リリカ、ナンベルのメンバーは現場へ向かうが、一方で人質の中に紛れ込む謎の女「ルビー」は、騒動を利用して密かに「計画」を進めていた。
于一个从未迎接过光明的地方AG(阿帕葛兰多，即琥珀之地)，无论是首都还是人工太阳无法照射到的危险土地，都有着冒险替人们递送信件的邮差。人们称这些时刻赌上自己的性命，排除万难，把寄托着人的“心”的信安全运送的邮差为“信蜂”。 四面环海的GA国是由三个区域组成了严谨的阶级系统，拥有人工太阳是首都“晓”，是上层阶级特定人群的高级都会。然后是中产阶级们的都市“尤萨利”，还有聚集了下等阶级贫苦居民的第三区域“悠达卡”。 在这三个区域间，有着只放行持有政府发放的通行证的人的“桥梁”。而那颗小小的人工太阳只为照耀首都而存在着，世界深不见底的黑暗所包围。 在这样一个世界里，有着充当连接人心的桥梁的邮差——信蜂。
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……
