1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
卧底特工迪潜入罪犯帝国，并面临着艰难的抉择：是执行任务，还是帮助头目的女朋友逃脱。
小城司机的儿子冯文军绰号“孬子”因酒后开车，撞伤人后驾车逃逸，被判刑入狱。几年后改过自新的孬子成为省监狱电声乐队队长兼主唱，因立功被减刑释放。出狱时，女监狱长陆侠将他弹过的吉他送给他，嘱咐他要“唱好歌，做好人，走正路”，他发誓：“不管多难，绝不回头！站直身子做个好人！
日据时期台湾新竹中学三位少年周绍祯、庄是耕、林清文相继在 “皇民化运动”中遭受殖民当局的打击迫害被迫离开校园。他们在为生计奔波摔打历练中思想逐渐成长，在饱尝战时日本殖民当局对台湾底层人民强征暴敛野蛮管制后民族主义意识逐步觉醒，在时代洪流的冲刷下分头迈向不同的道路。周绍祯辗转深入内地抗战，颠沛流离九死一生，后经中共协助加入台湾义勇队为民族抗战倾尽全力。庄是耕考取帝国大学，却被日军强行征召派往战场，后逃离日军。林清文在岛内地下办学传授国学，在家乡保存了中华民族传统文化的火种。1945年日军投降，三人重聚家乡携手建设崭新台湾的过程中林清文选择去往厦门寻找新思想新出路，周绍祯和庄是耕则投身岛内新民主主义革命浪潮中。可战争又随之而来，三兄弟被迫隔海分离。经历数十年的相望相念后，终在祖国大陆得以重逢。
