《女人就是女人》的故事從班長趙凌風（黃家恆飾）開始，凌風學業成績理想並且開始跟同班同學麗淇（麥詠楠飾）交往。可是，凌風卻對自己的男兒身並不自在，並且渴望成為女性，對於性別認同感到困擾，並在一次到麗淇家的過程碰到她的媽媽宋紫洳（李蕙敏飾）。四十歲的紫洳跟丈夫志鴻（鄧汝超飾）結婚十多年，跟丈夫與前妻所生的女兒關係良好。可是，志鴻卻無意發現了紫洳是跨性別人士，無法接受現實，並令家庭瀕臨破裂。
上个世纪70年代末80年代初的一个南方小城，一位名叫穆小旦的小姑娘与父母和弟弟同住在一个没有厕所的房子里，伴随着她的成长，如厕这样一个最简单基础的民生问题，成为穆小旦心中长久的隐痛与不堪，接近浪漫主义的执著追求。每天早晨，穆小旦必须去脏乱的公共厕所清理弟弟穆小生的痰盂，这一段并不遥远的路程是她生命中最为艰难羞愤的经历。而邻居家的一对姐妹花，竟然为了争夺一只马桶的率先使用权大打出手，从此姐妹之间数年没有开口说过一句话。 在一次青年朋友的聚会中，穆小旦发现了古子华家的厕所，一个闪闪发光的抽水马桶。从那天开始，穆小旦暗自下定了决心，她要拥有一间完全个人私密的厕所，哪怕是在情窦初开之际，也可暂且拒绝同城青年古子华的爱慕之意。一间厕所，是她和爱情平起平坐的内心重量。 经过挖空心思的努力，穆小旦的厕所终于奇迹般地建构起来了，与周遭琐碎、潦草的环境形成鲜明对比的，就是一只洁白耀眼的抽水马桶。在那个年代，一间私人厕所如同一个珍稀动物，邻居们蜂拥而至，言语间或羡慕，或赞赏。穆小旦把厕所当作了她的私人领地，关上门，她可以在这里换衣服，化妆，翻看彩色画报，在这个小小的天地气候里，她竭力维护着自己带有洁癖的个人尊严。 时间就这样过去了，三年，五年，十年。在一个暴雨的清晨，穆小旦上厕所的时候，临街的一堵墙突然消失了，这个曾经隐密优雅的空间又再次曝露在了众人的眼睛之下。厕所的墙究竟是怎么一回事，穆小旦一家人至今也没有弄明白。在这个过程中，一个北方男人冒失闯了进来，撒了一泡尿，还误认为这是一个收费厕所；一个江西女人观察多日，趁着天黑，抱着孩子在穆小旦的厕所里住了下来；邻居徐奶奶在厕所外面摆了个小摊，公然开始收费了；源源不断的陌生人就这样莫名其妙走进了穆小旦的厕所。 厕所的烦恼才告一段落，古子华又出现了，也许是成长让他褪变成了另一个人，穆小旦再次接受了这种忽明忽暗的感情，与日常的生活握手言和。貌似老实温和的古子华听从了穆小生的怂恿，等到所有人都睡着的时候，穿过厕所，回到了穆小旦的房间，以捍卫爱情的坚强理由在穆小旦身边侧躺了下来。
预科学校若智书院有一群成绩堪忧思想活跃的学生，校董家的谢天（何启南 饰）与谢地兄妹凭借老爸身份，即便留级也不担心学业；绰号水电工的嘉明为人老实，暗恋同学白逸梦（陈松伶 饰），而白逸梦满脑子言情幻想，全然没有留意；李时珍（李丽珍 饰）因为在南太平洋群岛旅游，耽误了开学日，在旅游期间，李时珍结识了香港青年戴运河（陈山河 饰），运河对时珍一见钟情，不顾家人反对退掉美国大学，赶到香港入读若智书院。运河的到来令谢天大为紧张，谢天属意时珍日久，和死党吴成材一直无法打动芳心，但也不能容忍运河插手。校园内一时掀起了一场多角恋爱的争夺……校董面对恶作剧的学生们大为光火，聘请军校老师对书院进行军事化管理，这引发了学生们的空前团结……
美国深海勘查潜艇“赛任1号”在一次例行任务中失事，当局命令潜艇设计师（主人公）组织一支由军人和各类科学家构成的小队，乘坐另一艘同型潜艇“赛任2号”下海救援“赛任1号”，成员里面有两个女性，其中一个是潜艇设计师的前妻。 搜索的线索是“赛任1号”上面的一只“黑匣子”。救援队据此潜航到一个非常隐蔽的海沟。途中这艘黄色潜艇被一个巨大的白色不明物体包裹住，艇长用电击法驱走这个怪物。三名潜水员出艇勘查，发现这里的海藻发生过变异，大得出奇。一名潜水员遭隐藏在海藻林间的异形生物突袭而亡，另两名生还者采集了一些变异的海藻后返回潜艇。 潜艇为了躲避变异生物的袭击，进入了海沟内部探险，结果发现海沟最底部有一个巨大空洞，潜艇浮出水面，艇员们穿着如同宇航服的特种防护衣进入这个幽深的洞穴，发现内部竟然有人工开凿的痕迹，里面到处都是变异生物，有的类似巨型蜜蜂，有的类似海蛇和恐龙的杂交体，并且所有的生物身上都带有剧毒。 队员们在留守在潜艇中的通讯指挥员的指示下不断深入，寻找遗失的黑匣子。然而当他们在洞内巡视时，一头异形怪物穿破一名队员的保护罩，进入他的体内，队员们被迫将其击毙。 同时，潜艇上的变异海藻入侵了潜艇上的饮水系统，接触海藻或者饮用了被海藻污染的水，都会被侵蚀逐渐变为海藻的饲料，一个杂役兵因此感染而死。 队员们划着橡皮筏返回潜艇途中，又被水中的异形逐个消灭。 潜艇设计师和两个女队员以及一个男科学家继续在洞中考察。他们发现了一个实验室，在一具干尸面前的电脑上查到了所有的秘密，原来这个海沟是美国政府遗弃的一个研究生物武器的秘密基地，科学家通过生物基因杂交生产出了大量的生物武器，但是不知是何原因试验发生事故，所有的科学家被那些生物杀死，无一幸免。 他们试图炸毁试验基地，不料在一个基因交换室遇到了最可怕的怪物------一个竖挂在墙壁上的多脚海星。在大家用步枪抵抗这个海星的时候，一个男科学家被海星巨大的触手卷走，一个女队员则被海星吸进口中…… 任务结束，旧情鸳鸯回到潜艇上，却被一直呆在潜艇中的通讯指挥员截住并吐露实情：其实根本不存在什么黑匣子，这次行动的真正目的就是取回生物试验的那张资料光盘，所以他才一步步引导队员们接近那个嗜血实验室，而且第一批返回的队员们有两人本来可以免受异形攻击的，也是他从中作祟将舱门反锁，让那两个队员活活的被异形拉进水中…… 通讯指挥员实现了自己的全盘计划，把幸存的三人：旧情鸳鸯和艇长关在寄生着变异海藻的船舱内，幸而潜艇设计师把那张要命的光盘留在手中，提出和通讯指挥员合作，将其骗入船舱并被海藻感染而死。 正当幸存者逃离危险之地时，却发现艇长没有跟随他们一起进入逃生舱，艇长告诉他们，刚才制服通讯指挥员时他不小心被海藻感染了，决定牺牲自己毁灭这个秘密基地。 最后，那对夫妻带着光盘乘逃生舱逃离了恐怖深渊，回到陆地上揭露政府的阴谋，而艇长则启动了潜艇的自毁系统，炸毁了海沟的出口，将那些变异生物永远封闭在海底深渊之中。
