1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
正魔争斗千年。正道领袖风月剑尊、魔教星主凤行天生死决战。两人的后辈沈少游、凤离雪却因机缘巧合结成好友。为保护师父，沈少游失手将离雪推下悬崖。离雪被魔教第一高手重华救起带走。两人的命运从此改写。离雪将成为魔教教主。而沈少游却将成为正道的盟主，注定了要相遇相杀。十年后，两人重逢。离雪利用少游的愧疚潜伏在他身边，几次刺杀。却最终被少游的宽容、善良打动，情愫暗生。就在离雪决定放下父仇，改恶向善时，重华强加干涉，设计让两人彼此误会、仇恨。最终，离雪成为教主，与盟主沈少游决战。历经磨难后，两人感受到彼此的真心，最终再度携手。无论出身正邪，无论成长于仙境魔域，只有一件事始终不变：心中的正义与爱。
壁花小姐纪婵换脸重生，以自己为饵，付出真心为代价化身复仇女神，带着致命的诱惑步步为营，处心积虑接近了极度自律、铜墙铁壁的宋司璞。未料到，纪婵的出现让腹黑“嫌疑人”冰山爆发誓要征服她，他也从漫不经心变为护她周全；而纪婵虽对他靶心所向，从一开始便是充满着较量，但慢慢他也终究成为了心中挚爱，情难自禁。成熟男女中的互撩试探，情感关系上的错综纷杂，是真相的追逐还是情感的博弈？碟中谍般的双A对决即将展开。
社会动荡席卷20世纪初的俄罗斯。沙皇尼古拉斯二世抵制变革，从而引发了一场革命，结束了王朝。
