本动画的主人公是佐藤良太以及他的小伙伴们，故事围绕着五年级小学生看似纯真无邪又充满成人式幽默的日常生活展开。 良太是个元气十足的男孩子，他爱玩爱闹，最好的朋友是今井浩二和河合翼。在5年2班里，每天都热热闹闹，偷看A书，议论女生，好动而早熟的男孩子们遇上什么事都要大惊小怪 一番。与男孩们的好动不同，千佳、有纪这些女孩们显得更加早熟文静，常常对男孩们的幼稚举动感到无语，但在很多时候，女孩们也会在意男孩们的话题…… 热血少年、天然呆、眼镜娘、冰山脸，不同于普通的小学班级，5年2班里有着个性迥异的少男少女，他们上演了一出又一出让人心跳不已的好戏……
钢铁飞龙战队少年们发现在海湾城里，出现了一群名为“捕梦者”的神秘怪兽，它们能够激发出人类内心中诸如自私、嫉妒、恐惧等负面的精神能量，以此来控制人类、强化自身。为了打败“捕梦者”及其背后的主使——外星邪恶势力谬博士，少年们再次召唤杰博士发明的神兵机甲，与“捕梦者”展开一次次较量。在这过程中，大家战胜“心魔”，改掉坏毛病，收获了感悟与成长。
全剧从银河帝国的视角出发，Nightsister Morgan Elsbeth和前绝地武士Barriss Offee扮演关键角色，剧中也将探讨Elsbeth的崛起，Thrawn、Grievous将军也将现身；Offee则在通往审判所的道路，见到了Grand Inquisitor Darth Vader本人。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
