故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
在遥远的古代，有一座名为瓜拿瓦纳的城堡。每当夜晚来临，一位蒙面女侠便会把从富人家里偷来的钱财散给贫苦百姓。在城堡郊外，小汤姆在父亲留下的一片土地辛苦耕种，但是贫瘠的土地和灾害让他们没有收成。哥哥出去寻宝意外带回一个魔镜，汤姆从魔镜中看到一位美丽的女孩，他决定去寻找她，而此时王宫中也因女巫的魔法而蒙难。汤姆在寻找女孩的路上会发生怎样的奇遇呢？
讲述了“第二模式”app，是一款能让人拥有超能力的软件。性格懦弱的高中生叶秋的无意之中收到了试玩邀请，获得了听见心声的能力，而他的妹妹叶紫也因为被变态杀人狂袭击而受了重伤。叶秋决定用“第二模式”知道对方心声的能力查出真凶。拥有能力的还有艾思和陈子墨。
