该剧延续了前两季的主线，讲述了李天腾与赵小宝因为父母工作变动而不得不在高二最后一年转学到新的中学——白云中学。而在开学第一天，主角光环就让他们在学校引起了不小的风波。李天腾为重建新成立晨星X乐队和白云中学的乐队成员发生冲突，而技术宅赵小宝因为迷路重建校园网，结识了志同道合的学霸好友白晓俊。不同的个性、不同的背景、不同的生活习惯，一群人在学校里围绕同学情、师生情发生了一连串的小故事
故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团带来什麼冲击？颠覆你对魔幻世界的想像力，一起探索萌学园体验奇幻旅程。 -------- 第一季结束 第二季主要演员卡司包括第一季萌骑士团五熊(蔡颐榛)、寒(蔡芷纭)、曾子余、博焱、利昂霖和林奕勋，本季加入更坚强阵容，包括张善为、草莓姊姊及人气偶像阿本，为第二季之光荣圣战奋斗！ 寒再次演出乌克娜娜的角色，她表示这次更得心应手，林奕勋甚至调侃她都不用练习就能上镜演出，真的是猴塞雷！随著萌学园2开拍，演员感情更为深厚，为萌学园2的演出，培养了绝佳默契！
1941年，太平洋战争爆发，佐仓良平（彭于晏 饰）是一位飞行员，某日，他邂逅了名叫全浩妍（秋瓷炫 饰）的单纯女孩，两人一见钟情。然而，全浩妍早已经和名为李善直（吴世圭 饰）的男子订下了婚约，为了能够和良平在一起，全浩妍不惜离家出走。然而，全浩妍并没有找到良平，之后，李善直因为意外死亡，内疚的全浩妍亦选择了自杀。多年以后，良平终于收到了全浩妍曾经为他制作的香包，然而佳人已逝，为时已晚。 1994年，金承天（彭于晏 饰）结识了名为尹香之（秋瓷炫 饰）的女子，之后，金承天开始做起了奇怪的梦，在尹香之的身上，他似乎闻到了极为熟悉的味道。金承天有一位青梅竹马的女友王以恩（许玮伦 饰），两人的家族是世交，彼此亦被视为是顺理成章的一对。然而，尹香之的出现让王以恩感到了巨大的威胁，她开始想方设法的破坏尹香之和金承天之间的关系。
