为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员，于是，她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。 操纵“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ（西贝拉）”因为拥有着特殊能力，她们可以选择自己成为大人的时间。但是因为战争的爆发，她们的优秀才能不得不运用在“Simoun”的操作上，换句话说，她们被强迫保持在了“少女阶段”……
妖怪界の刑事・ドロは妖怪総理大臣を決めるという格闘技大会への出場を、ゲーム一作目の主人公でもあった妖怪退治人・剣野舞に依頼する。だが、自分に降りかかった火の粉でもない事件なので、まったく興味を示さない舞。そんな様子を見ていた舞の妹、光が口を挟んできた。そこでドロは光をおだて、魔剣道2号として大会へ出場させようとする。一方、とある一角では妖怪がひとりの少年を改造し、人間界を支配せんと企んでいた……。
ビビリで、泣き虫なヘタレ人間教師・ 安倍晴明あべはるあき。 そんな彼の新しい赴任先が決まる。孤島にある妖怪たちの学校、その名も“百鬼学園”！ 個性溢れる妖怪生徒に驚かされ、 そして逆に妖怪生徒たちに驚かれながら、晴明の奇妙でにぎやかな学園ライフが始まる！ ゆるく、熱く、ゲスく、騒がしく、そして涙誘う…！ そんな感情のシャトルランな 愉快×痛快×妖怪学園コメディ！
