法拉刚达展示了仙女们的欧菲雅自然公园，这里有来自世界各地的最稀有的神奇动物。 在这个新系列中，我们将发现动物真正的重要性，揭示出魔法本身的主要力量与动物有关，这是一种特殊生物的小型万神殿。每个神奇动物，从最小的到最大的，都有一小部分魔法，天赋，能力，价值。 在他们的冒险中，必须拯救来自卡尔萨瑞的神奇动物，卡尔萨瑞是一个邪恶的变形动物，还有她的兄弟巴菲里斯，一个有趣而笨拙的魔法师。拯救了第一个处于危险中的神奇动物，六个女孩实现了一个新的转变，让他们与六只神奇动物有特殊的联系……
远古时代，掌管古世界的邪恶魔石「DB」在现代的这个世界上，再度的苏醒了！！为了要拯救全人类，神明派了一位使者来到世上，而且是个能够使用圣石「RAVE」的少年！ 居住在车库岛的哈鲁，与姊姊凯特蕾雅一同过着平静的生活。但是自从偶然钓起一只不明生物——普鲁之后，身边便发生了一连串的事件。为了找寻真相，哈鲁决定离开小岛，前往未知的世界……
在已被彻底探索殆尽的世界里，名为“深渊”的大洞是硕果仅存的秘境。 这个深不见底、不知会延伸到何处的巨大垂直洞穴中，不仅栖息着各种稀奇古怪的生物，还沉睡着现今人类所做不出来的珍贵遗物。 “深渊”那处处充满不可思议的神秘样貌，吸引人们前仆后继地前去冒险。渐渐地，大家开始将那些多次挑战大洞的冒险者们称为“探窟家”。 孤儿莉可住在兴建于深渊四周的城镇“奥斯”，她梦想着将来要成为像她母亲一样伟大的探窟家，并一解深渊之谜。 某天，她母亲莱萨的白笛被人发现，让莉可因此下定决心要潜入深渊的深处。她捡到的失忆机器人雷格，也为了寻找自己的记忆而决定与她同行。 莉可在深界四层被穿珠的毒给侵蚀折磨，拯救她的是名叫娜娜奇的惨剧终末。娜娜奇加入之后，三个人便继续前往彭多尔多所在的深界五层冒险。在那里，他们遇见了一个自称普鲁修卡的女孩。由彭多尔多抚养长大的她对外界一无所知。普鲁修卡深深着迷于莉可的冒险故事，并希望能和莉可一起冒险，然而她却惨遭彭多尔多利用来做实验。 不过后来普鲁修卡改变形体，变成莉可的白笛，与她一同朝深界六层“不归之都”前进。在那里有座“惨剧终末的村子”，那是拥有自己一套价值观的惨剧终末们所生活的地方。
女孩图莉普离家出走误上一班无尽的列车，她必须与球形机器人小一和柯基国王艾蒂科斯一路冒险寻找回家的方法。
在遥远的古代，有一座名为瓜拿瓦纳的城堡。每当夜晚来临，一位蒙面女侠便会把从富人家里偷来的钱财散给贫苦百姓。在城堡郊外，小汤姆在父亲留下的一片土地辛苦耕种，但是贫瘠的土地和灾害让他们没有收成。哥哥出去寻宝意外带回一个魔镜，汤姆从魔镜中看到一位美丽的女孩，他决定去寻找她，而此时王宫中也因女巫的魔法而蒙难。汤姆在寻找女孩的路上会发生怎样的奇遇呢？
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。 每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
