琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授（帕特里克•斯图尔特 Patrick Stewart 饰）和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…

　　在一个静寂肃杀的夜晚，居住在镇上的柯迪（保罗·麦卡锡·波英顿 Paul McCarthy-Boyington 饰）、杜克（布莱德·威廉姆·汉克 Brad William Henke 饰）和欧提斯（麦克·C·威廉姆斯 Michael C. Williams 饰）穿梭在阴森的丛林中，几番交手最终抓到一只形容恐怖的异种怪兽。它的眼睛能够迷惑人的心智，被其伤害后全身会因感染而溃烂，最终痛苦死去。柯迪的哥哥提米15年前即死于异种之手，多年来他和同伴一直往返森林和小镇，寻找复仇的机会。
　　这次他们带着异种来到当年的好友韦尔（亚当·考夫曼 Adam Kaufman 饰）家中。柯迪、杜克受伤被感染，韦尔的女友紧张之余还打电话报警。混乱之际，异种挣脱锁链逃脱，恐怖在斗室之中蔓延……

　　研究者对同年龄组的两个家庭做了跟踪调查：一对是IQ为130的天才组合，夫妻和睦，但是无嗣，正当两人准备作试管婴儿之时，男主人却在自慰中意外死亡；另一个家庭，都是IQ 80的低能夫妻，天天吵架，不过却人丁兴旺，不仅三代同堂，而且家族甚大。根据这个调查，研究者选择了一个自愿 者鲍尔斯（卢克•威尔逊 Luke Wilson 饰）做冷冻实验，不想实验出了差错，500年后他醒来后，却成为地球上最聪明的人。他被盲打误撞地选做了总统的候选人，支持他的甚至还有5届自由搏击冠军。在盛大的竞选现场，他只能硬着头皮面对选民演说，对于目前的种植、沙尘暴等问题，他提出的是灌溉这一看似离谱的解决办法。而且，还得到了选民的拥护，然而这个美梦迅速破灭了，他开始遭到谩骂、攻击，甚至是性命堪忧……

　　别看如今的杰克（蒂姆·艾伦 Tim Allen 饰）肚大腰圆，他可是曾经为政府所雇佣的超能力秘密特工，当年，为了消灭人类最强大的敌人“激进派”，杰克不仅失去了他的战友们，同时也失去了自身的超能力。军队放弃了再也没有利用价值的杰克，后者则过上了梦寐以求的正常人的生活。二十多年后的今天，当“激进派”分子再一次蠢蠢欲动的时候，军队再度的找到了杰克，这一回，他将扮演一个十分特殊和重要的角色。
　　杰克的任务是教导四个个性极其顽劣的的孩子，教他们如何正确使用和控制各自强大的超能力。对于杰克来说，这四个孩子可比曾经所遇见的所有敌人加在一起都要难对付的多，年事已高的他能够顺利的完成任务吗？

　　故事发生在美丽的志摩市。因交通意外失去母亲的小男孩相泽透，一天在好奇心的驱使下，在海岛上找到一块闪烁着红光的石头，上面还有一枚蛋。刚握在手里，从蛋里竟孵出一只小乌龟来，为了纪念母亲生前对他的昵称，小透给小乌龟起名为“透透”，并瞒着父亲孝介把透透养在家里。
　　平常在家里不爱说话的小透，由此一天天的开朗起来，这让孝介感到惊讶而欣慰。然而，事情并没有这么简单，这并不是普通的小乌龟，它不但生长速度惊人，而且还懂得制造气流在空中飞行，青梅竹马的邻家女孩西尾麻衣了解到这一切，她告诉小透，透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪兽加美拉。后来，透透长大到实在没法遮掩，小透便把它搬进了海边一个秘密小屋。
　　麻衣原来一直有心脏毛病，翌日她将要到名古屋的大医院动手术。得知此事，小透决定要送给麻衣当地流传能带来好运的绯红色守护石，而这块守护石，正是透透出生时那块发出红光的石头窝，麻衣为此向“两个小透”都表示感激。
　　一天，小屋里的透透突然不见踪影，小透正要四出寻找，一头凶恶的蜥蜴怪兽积达士出现，不仅在市镇上大肆破坏，还掠食人类。孝介赶到现场，打算带儿子和他的小伙伴脱离险境，却不知积达士已经在背后张开了血盆大口。千钧一发之际，一个庞大身影闪过将积达士撞开，果然，透透就是年幼的加美拉。
　　只有成年体型四分之一的透透，经过苦战一场，终于把积达士打入大海，而自己也耗尽了力气，被政府内阁官员带同巨型生物审议委员会抓走，小透却只能眼睁睁的看着透透被军方押送离开。不过，坏消息随后带来了一个好消息：麻衣的母亲来电告诉小透，女儿的手术顺利完成，奇怪的是，麻衣在梦中却一直念叨着要把守护石还给透透。
　　学者雨宫本想对加美拉进行催长手术，好让它尽快长大足以抵抗恐怖怪兽的袭击，没想试验还在进行的时候，积达士再次在名古屋登陆，直接给研究所杀了个措手不及，成长不完全的透透，也只好再度迎战。而此时的小透，正在赶往名古屋的路上，他明白到守护石必须回到透透身上，才能让透透发挥出最大的力量。
　　可是小透徒步实在太慢了，麻衣也心急如焚要亲自送守护石回去，却被父母和医生劝阻，透透面对积达士完全没有还手之力，这下子可危险了……！

　　康纳思（安东尼·特雷奇·克里斯 Anthony 'Treach' Criss 饰）曾经是就职于CIA的超级特工，拥有强健的身体和丰富的经验。一次，在执行拯救总统夫人的任务时，康纳思遭遇了意外，导致了他双目失明，就这样，康纳思不得不和他热衷的特工事业说再见了。
　　一晃眼三年过去，康纳思曾经的上级再度找到了他，不仅治好了他的眼睛，还令康纳思神奇的获得了夜视的特殊能力。凭借着这一能力，康纳思完美的完成了上司派给他的新任务，可是之后，康纳思不仅再度失明，而且还遭到了国家安全局的追捕。原来，康纳思的上司早就遭到了停职处分，为了报复CIA，他哄骗康纳思偷得了毒气炸弹。

　　不久的未来，毒品泛滥已经失去控制，一种极易上瘾的非法药品“D药丸”在美国境内流行，政府当局只好利用高科技监视系统对抗失控的局面。卧底的缉毒探员弗瑞德（基努•里维斯 饰）化名巴布•亚特，试图追踪毒品来源，这样，他与小毒贩唐娜•霍桑（薇诺娜•瑞德饰）、吸毒者吉姆•贝芮斯（小罗伯特•唐尼饰）、厄尼•洛克曼（伍迪•哈里逊饰）、查尔斯•费克（罗瑞•考克兰饰）等人住在一起。但实际上，弗瑞德也被“D药丸”的毒瘾深深吸引。随着毒瘾越来越深，他逐渐模糊现实与虚假间的界线，失去神智的弗瑞德，不断追寻大毒枭的隐藏之处，毫不知情自己一直置身于幕后黑手的摆弄。