《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
丹童子有马（寺岛拓笃 配音）是一名高中二年级的学生，看似沉默寡言严肃内向的他，其实有着一段不堪回首的过去。为了避免再伤害周围的人，有马选择了形单影只的孤独生活。某日，一位名叫蓝羽琉璃（中岛爱 配音）的少女带着执事镜诚（入野自由 配音）出现在了有马的面前，提出了希望利用有马身上“恶石”的力量。 恶石的力量虽然强大但难以控制，有马曾因此而犯下令他追悔莫及的错误。而蓝羽琉璃则拥有“善石”的力量，能够牵制和压抑有马的暴走，在蓝羽琉璃的不断恳求下，有马终于决定走出过去的阴影敞开心扉，两人共同要面对的，是因为恶石力量而幻化而成的魔物。
五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
奇幻导演米歇尔·冈瑞（Michel Gondry）一向喜欢挑战观众的思维，而这部动画纪录片可视为他与现代语言学与认知科学之父诺姆·乔姆斯基（Noam Chomsky）的对话。 米歇尔·冈瑞透过动画，以独特的叙事和美术观点，呈献诺姆·乔姆斯基在语言学方面的贡献，观众将透过影片重新思考每一个语言所代表的意涵，启发性意味浓厚。
