圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（茅野爱衣 配音），其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）拒绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香 配音），而是命令草薙将艾玛护送至501机关接受调查。草薙在少女身上不仅发现两个灵魂的存在，更触摸到了被官方、军方可以隐藏的悲惨真相…… 本片根据士郎正宗的原作改编，为攻壳机动队前传“ARISE”的第四部。
入冷宫，失爱女，废后位……复仇暴君，冷心废后，她是他的皇后，却又是他最想除去的人；她是他的屈辱，他又是她的夙怨。破茧重生，弃情绝爱，她载恨华丽归来。几番对决，她笑言：“只差一步，可惜，你爱上了我！”多番较量，他怒称：“修罗地狱，也要你相伴左右！”
靠著DNA鉴定选出数名可能是“阎祸子孙”的人类或生物。为了确定谁是“阎祸之子”，拟定了“和乐家族计划”──将所有可能是“阎祸之子”的人结合成一个家庭共同生活。对策局对策一课行动部队队长乱崎凰火以“父亲”的身分被强制参加。
