江湖上有两帮势力对抗之黑社会组织，一帮是手段毒辣的大哥雄，一帮以决定改邪归正的张义为主。
　　飞虎队队员李正刚之好友罗大强为卧底探员，正掌握足够证据捣破大哥雄之组织，可惜任务未完成已告殉职。为了报朋友之仇，李正刚主动要求当卧底。他以黑吃黑手法劫张义的货，后因识英雄重英雄而被张重用，李于是藉此搜集张之犯罪证据，但却找出真正杀死好友之仇人是大哥雄。高警司派人跟踪李正刚，得知张义有收山前最后一次走私计划，遂带人围捕，唯独给张义逃脱，张怀疑李正刚出卖自己，而李正忙于混入大哥雄之组织为友报仇。张义与大哥雄遂成李正刚之两大压力。处于危机四伏之杀局，究竟李正刚如何报仇？如何面对张义？又如何在黑白两道之间作出抉择呢？

　　退隱江湖人物成哥, 不時勸兒子華仔切勿重踏自己舊路, 可惜華仔卻暗地裡與大傻勾結, 進行不法買賣.
　　國際刑警 Apple 奉命調查大傻所經營之財務公司, 萬 Sir 亦命與 Apple 共同追查. 追查當中 Apple 無意查出華仔身份, 以至被華仔設計殺害且藏屍於箇中一個大雪櫃. 可惜事情卻被祖兒發現, 但因祖兒為報成的養育之恩, 亦未將所知一切告知丈夫萬 Sir. 一念之仁竟令祖兒慘遭殺害.

　　徐大强、张伟、高柏森因打劫被判入狱，在狱中，他们获悉收藏赃物的地方将要拆卸，为了夺回拼命得来的财富而决定越狱。徐大强狱长儿子打死并带上了目击者天赐越狱。狱长为替儿子报仇，便串通一外藉警司利用帮会的人对徐大强进行追杀。天赐父亲知道狱长为人阴险，担心儿子安全，遂找得辞职警探万子协助，希望天赐能逃脱，向警方解释。另一方面，天赐被利用完后，被徐丢下，因各方面的误会而遭追杀，而匿藏地点却被外藉警司获悉，当他正想杀天赐时，幸得万子的警探好友陈SIR出手，救回一命。万子为要证实天赐无辜，一定要捉拿徐大强作证。徐在多方追捕下，走头无路，迫得与万子合作，但他却首先要避过帮会及外藉警司的追杀，无耐之下，徐连同万子作出孤注一掷的反击，向两大势力作出挑战。

　　方与雄自小在帮会中长大,与帮会老大鲍之女儿莲感情极好,莲则对方有爱意。鲍因年老多病，欲选方为继承人，但遭方拒绝而起误会，赶方出帮，而后立雄为其继承人，女儿莲也嫁给雄。
　　雄虽当了老大之位，却因好胜居功，不能服众，又遭日本山口组对付。方退出江湖，与丽结婚，在炮竹厂当工人，过着平淡的生活，但另一帮会的伊欲迫方重出江湖，故杀鲍劫莲，展开连场火并

　　周文俊是警方卧底，以为任期快满可以重当警员，却在此时接获新任务，负责调查荣叔主持的黑帮集团，周无奈接受。此时他巧遇多年好友安，原来安早已投靠荣叔，是他的得力助手。在安引荐下，俊混入集团调查，期间更搭上荣妻Helen。荣另一助手亚虎因安，俊二人被重用而不服，安其实早想退出，他知道虎对他不满，便借故与妻归隐。安之业务由俊接手，警方开始怀疑他，他却并未因此停止调查。亚虎乘机发难，把荣杀死，并嫁祸给俊。俊走投无路，往投靠安，安夫妻二人受牵连而死。至此俊怒不可竭，决定找虎报仇，血战后终于把匪帮消灭。此时，警方至，见俊立了大功，方才重新确认其警员身份。

　　政治部警官任达华，在追查一宗军火案时，怀疑机场海关货仓主管苗侨伟为案中内鬼，苗被停职调查，后更被杀。
　　苗的妹妹凤及妹夫吕俱为特警队督察，怀疑苗之死与任有关，决定调查。
　　却原来军火案乃苗之上司威龙与黑帮头子高飞合作，为怕苗碍事，将他杀死。现更设计陷害吕一家人。吕之女儿恩恩更无辜惨死。吕、凤誓报此仇，展开一场恶斗。

　　大内库藏武功秘笈《葵花宝典》失窃。东厂主管太监古今福（刘洵 饰）率千户欧阳全（张学友 饰）等，南下调查辞官锦衣卫林镇南，同时收用“五岳盟主”左冷禅（元华 饰）外围策应。华山派大弟子令狐冲（许冠杰 饰）与师妹岳灵珊（叶童 饰）奉师命增援林镇南，无奈两人实力不济，领得林镇南遗嘱后遁走，二人于路先后巧遇顺风堂堂主刘正风（午马 饰）、日月神教长老曲洋（林正英 饰）、华山派风清扬，获传《笑傲江湖》曲谱和独孤九剑。
　　各路人马为《葵花宝典》纷纷聚于苗人地界，欧阳全与左冷禅争功不下，遂假扮林平之混入华山派一行。令狐冲结识日月神教任盈盈（张敏 饰）与蓝凤凰（袁洁莹 饰），因曲洋之关系得其协助。古今福与岳不群为《葵花宝典》大打出手，令狐冲不忍一班师兄弟受牵连愤而使出独孤九剑，始明了“笑傲江湖”真意。
　　本片根据金庸同名小说改编。